清廷与太平军鏖战了十三年，战况持久而惨烈，清廷为此损失了数十万人。面对巨大的损失，清廷是恨透了太平军，对其俘虏往往采取惨绝人寰的处置手段。清廷残杀太平军俘虏的酷刑有枭首、抽肠、摘心、凌迟、啖肉等。

我们先看一段《太平天国史料译丛》中记载的清军对太平军俘虏的处理情况，这是当时一位英军军官亲眼目睹的一幕。他说的这批太平军俘虏是英法军队移交给清军的，清军随后对这批俘虏进行了残暴的行刑。

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这批俘虏中包括男女老少，从刚出生的婴儿到八十岁的老翁，从怀孕的孕妇到十几岁的小姑娘，可谓是无所不有。首先清军把俘虏中的妇女和姑娘交给一群恶霸，让这些恶徒们把她们带到僻静处侮辱，之后再拖回来处死。

年龄小一些的少女基本都昏倒了，随后被拖到刽子手面前，刽子手将她们翻过来面朝着天，退去衣服后，用鬼头刀从胸口剖开。刽子手们在行刑时，一面诅骂着，一面把被杀的妇女的胸部割下来，扔在她们的面部。

这批刽子手的行刑技术很是高超，他们在剖腹时，能做到不伤俘虏的五脏，并且将手伸进胸膛，把一颗冒热气的心脏掏出来。而受刑者只能直瞪着眼，看着刽子手干这样惨无人道的事，最终在恐惧和残害中死去。

当时有一个怀孕八个月的被俘妇人，目睹了惨状后既不紧张也不喊叫，她已遭受了无赖们的侮辱。刽子手从她的肚子里剖出婴儿，抓着手提到她面前时，她看见流血且战栗的胎儿后，不由自主地发出一种瘆人的凄惨叫声。

随后她以非人的力量挣脱按住她的人，把胎儿抱在胸怀里就死了，她紧抱孩子的双手最后都无法分开，于是母子两人一起被抛到尸堆上去。还有一位剖腹的少妇,，手里抱着十个月大婴孩，被抢下抛给刽子手，刽子手将孩子剖杀。

还有不少吃奶的婴儿，也从母亲怀里夺去被剖腹。很多壮年男俘虏，有的被剖腹，有的被凌迟。刽子手将他们的肉一块块割下，有时塞到他们的嘴里，有时则抛向围观的观众之中。在处理这些俘虏时，刑场的惨叫声不绝于耳。

还有一位英印军医刊登在《华北先驱报》上的信，记述了清军将领程学启（太平军的叛将）部在江苏太仓残酷杀害太平军俘虏的景象。当时有七名太平军俘虏被押送到卫康新附近的兵营。他们被绑在木桩上，受到了残忍的酷刑。

他们身体的各部分全被刺入了箭簇，血流如注。但这种酷刑还不解恨，于是他们又换了别种办法。他们从这些俘虏的身上割下或者是砍下了一片片的肉，当时刽子手用的刑具是钝刀，割开的肉连着一点点的薄皮，令人不忍直视。

这些俘虏在数小时之内都一直痛苦地扭动着，大约在日落时分，他们被带到刑场上，被凶狠的刽子手用刀来回锯着他们的脖子，最后才把他们的头砍断一大部分。就这样，这几个俘虏才算是结束了他们的痛苦。

当时的《大清律》将谋反罪列为"十恶"之首，惩罚方式也极为残酷，只要是参与谋逆之事，不论是首犯还是从犯，一律都凌迟处死。清廷对太平军将士的处置，除了凌迟之外，还有其它惨绝人寰的酷刑，可谓是无所不用其极。

在太平军起义的当年，清廷对广西藤县疑似太平军的一些村民，如果审讯不出来，则就以凌迟处。湖南巡抚骆秉，在湖南宜章县擒获太平军女将王萧氏，审讯清楚后，将王萧氏凌迟处死，最后下令"剉尸戳尸"示众。

山东济宁州吏目莫维翰围剿北伐援军，俘获太平军李春方、邓凤祥等将领六人。李春方曾在巨野县亲手杀了知县朱运昌，经刑讯后，被俘人员一律处死，清军将李春方的心摘取，为朱运昌设位遥祭，以慰忠魂。

1855年，林凤祥的部将萧风山和钟有年带领水兵九十一人出降。僧格林沁传令，投降人中除年老者及十五岁以下幼孩赦免外，其余人一概不赦。被解送到沧州的北伐军总制江玉遵等三十四人，在红孩口处被凌迟处死，枭首示众。

太平天国定都天京后，清廷对起义军俘虏的报复变本加厉。面对凶残至极的敌人，天国将士们慷慨赴死。钦差大臣向荣在天京通济门外打败太平军，俘虏太平军多人，两名主将被被凌迟，其余十三名士兵也被凌迟枭示。

湘军提督塔齐布攻陷湖北大冶县，生擒太平军一百三十四名，塔齐布觉得仅仅枭首并不解恨，一律令剜目、凌迟。在江南提督生俘太平军将士十一人中，有一位叫许俊美的英雄，"熬审两日，坚不吐实，旋即凌迟枭示"。