忽必烈创建了元朝这个前所未有的多民族大统一王朝，为它奠定了基本的制度框架。但在取得这一伟大成就的同时，也给他的后继者留下了诸多难题。

忽必烈于至元三十一年（1294）去世，成宗即位。自成宗到顺帝继位（1333）的39年间，元朝的政局动荡不定，帝位更迭9回，在位最长者11年，最短者仅40余天。

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这种局面使得忽必烈之后缺乏一位真正的守成之君来解决遗留的问题，将元朝引领到长治久安的道路。

造成这种问题的原因在于，按照蒙古的制度，忽必烈的诸子孙不但都具有继承元朝皇位的潜在资格，而且都拥有参与皇位争夺的军事与政治力量。加上母后、贵戚亦拥有相当的权势，遂导致皇位的转移往往伴随着阴谋、弑夺，甚至发展为大规模的内战。

由于蒙古的制度将天下视为成吉思汗子孙的共同财产，除了个别的例外，新帝即位后都要花费巨额的财用赏赐宗亲贵族，构成元朝财政的重大负担。从成宗时开始，即动用钞本弥补亏空，结果导致财政系统紊乱，最终走向破产。

在蒙古、色目人与汉族人民之间始终存在巨大的鸿沟。忽必烈经历中原的时期和即位后的前期，对任用汉族的精英和学习传统中原王朝的经验，具有很高的热情。

中统三年（1262）李之乱后，他改变了这种做法，并且将四种人的民族歧视和压迫政策固定了下来。虽然他以后的各朝，文化趋向上有某种摇摆，但民族歧视和压迫的政策一直没有改变。

这使得蒙古贵族惰于学习汉民族的文化，与当地被统治的人民始终处于文化隔离的状态。因此，元朝也始终未能蜕尽其征服王朝的特征。

元朝中期皇帝的在位期间都很短，独有开国的世祖忽必烈和亡国的顺帝妥欢帖睦儿在位分别达34年和35年。

顺帝13岁时（1333）即位，7年后追究其叔父文宗谋害其父明宗之事，将文宗庙主撤出太庙，安置文宗后于东安州，流放文宗子燕帖古思于高丽，帝位之争遂告一段落。

但是蒙古最高统治集团内部的争斗并没有结束。先是右丞相伯颜利用权臣燕铁木儿家族企图勾结亲王谋废立一事，将其一网打尽，达到专权的地步。伯颜专权期间，遵循仇视汉人、南人的路线，加紧了对他们的防范，停罢了仁宗以来恢复的科举考试。

伯颜的专权和激化民族矛盾的措施，使他的侄子御史大夫脱脱深感不安。至元六年（1340），在脱脱的策划下，伯颜遭贬，死于放逐途中。

脱脱自幼养于伯父伯颜家，在内廷做过十年怯薛歹，也曾接受过儒学方面的训练。他分别在1340年到1344年和1349年到1355年间，两次担任中书省右丞相。脱脱很有锐气，在第一次执政期间实行了一系列不同的政策。

他恢复了科举考试，又大兴国子监、选用儒臣为顺帝进讲儒家经典和汉族传统文化、修宋、辽、金三史，呈现文治的景象；又开马禁，减盐额，蠲逋赋。这些措施对于缓解汉族上层的不满起了一定作用，所以“中外翕然称为贤相”。但在全国各地发生一系列的地方性起义后，脱脱以病辞去相位。

1344年至1349年间，有几届政府相继登台。这时期的政策是针对连年的天灾和愈演愈烈的社会动乱，采取了委派能员、给以便宜行使权力的办法，提高地方政府在处理这两类问题上的自主能力。

但是成效并不明显，问题反而越来越多。1344年5月，黄河水暴涨，北面溃决白茅堤（今河南兰考东北）。6 月，又北决金堤。黄河中下游的州县，大体相当于今天河南省的东北部、安徽、江苏两省的北部、山东省南半部和河北的部分地区，成了一片泽国。

河水溢入运河，严重妨碍漕运和盐场的安全，给元朝的财政命脉构成重大威胁。同时，元廷财政面临越加入不敷出的局面。这些问题都需要中央政府发挥更加积极的作用。于是，在斗争和交易之后，脱脱于1349年7月被召回，仍任右丞相。

1350年底，元廷决定印行没有准备金的"至正交钞"，同时铸造新铜钱一并流通。次年，新的钞钱开始发行。至正交钞的官定价值比至元宝钞提高一倍，而印数首批就达200万锭，形成以滥发新钞搜刮民间至元宝钞的态势。

于是，老百姓避虚就实，舍钞而用钱。最后连钱都不用，回到以物易物的原始状态，交钞遂成一堆废纸。

1351年5月，元廷开始庞大的修河工程，到年底完工，共动用民工15万，监工的军队2万，新修河道280里，使黄河由哈只口人故道，东去徐州，汇淮河入海。

但是，遭受黄河多年泛滥之苦的民众被强征为河工后，得到的报酬是一些几乎没有购买力的废纸，且又多被克扣，众多的民工被饥饿和严苛的督责折磨压迫致死，怨恨与愤怒的火焰终于被白莲教点燃，遂导致反元起义的大爆发。

脱脱经过几年的应对，到1354年，基本控制了局势。就在此年的冬天，在围攻高邮张士诚的战役中，脱脱被顺帝突然解职、流放。结果高邮之围因此而解，起义者的势力复振。1355年以后的元朝陷入起义者和镇压起义的军阀的割据局面，元朝中央政府在全国范围的统治实际已经瓦解。