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清朝能够以一隅抵抗大明，并且取得节节胜利，光靠前几位强人的天才指挥是绝对不行的。偶尔的灵光一现，能带来一战之胜，却不能带来女真人的全面崛起。他们能从白山黑水走出来，靠的还是八旗军硬实力。然而，八旗军的建立过程，往往被许多人一笔带过，其实是相当艰辛的。

努尔哈赤起兵之时，除了声讨明朝的"七大恨"，就只有祖、父所遗的十三副甲胄。这样的条件，当然不可能还分八旗，当时就只有一支军队，以黑旗为号，其实可以称之为黑旗军。

经过五年的时间，努尔哈赤逐步统一了建州三卫，人口迅速增加，兵源更多。于是，他另外组建了红旗军。原先的黑旗军管理不过来，便交给了自己的弟弟舒尔哈齐。没过多久，努尔哈赤和舒尔哈齐几乎同时将旗帜颜色改变。

努尔哈赤是受到了汉文化影响，认为黄色最为尊贵，自己作为建州女真的首领，所辖军队的旗帜应该是黄色。舒尔哈齐则认为，黑色的旗帜在夜晚实在很难看清，他将其改为了蓝色。这样，正黄旗和正蓝旗也就由此诞生了。

接下来，努尔哈赤完成建州女真部落的统一后，又不断攻击其它女真部落。万历二十九年，海西女真中的哈达部被征服。这个部落曾经长期是女真族的霸主，臣服于努尔哈赤后给建州女真带来了实力上的飞速增长。努尔哈赤将哈达部的俘虏变成了一支军队，并以白色旗帜为号，这也就是正白旗的来源。当时的正白旗是由努尔哈赤的大儿子褚英和哈达部的首领吴尔古代共同管理。

万历三十七年，建州女真的两大首领努尔哈赤和舒尔哈齐正式决裂。舒尔哈齐完全不是努尔哈赤的对手，两个儿子、心腹党羽被处死，自己还被幽禁。他所掌握的正蓝旗当然也被交了出来，努尔哈赤趁机对正蓝旗一分为二，其中一部分交给舒尔哈齐的次子阿敏，仍为正蓝旗，另外一部分则成为了正红旗。